Análise da diversidade molecular em Araucaria angustifolia a partir de sequências de microRNAs e do cloroplasto

Araucaria angustifolia, popularmente conhecida como Pinheiro do paraná, é a principal conífera endêmica do Brasil com importância comercial, destacando-se como a principal espécie madeireira da região Sul do país no século passado. Por apresentar madeira de excelente qualidade e alto valor comercial, esta espécie foi alvo de extrativismo predatório durante décadas, sofrendo um decréscimo populacional acentuado. Atualmente, A. angustifolia é classificada como espécie criticamente ameaçada de extinção. Esta espécie tem sido alvo de diversos estudos genéticos, principalmente com foco em embriogênese somática. Recentemente, uma análise transcriptômica em estágios iniciais de desenvolvimento foi realizada a partir de dados de RNA-seq, os quais encontram-se disponíveis no NCBI. No presente estudo, esses dados foram utilizados em novas análises a fim de se obter novos recursos genéticos e genômicos em A. angustifolia. No primeiro capítulo, o transcriptoma do Pinheiro do paraná foi analisado com foco na identificação de miRNAs. Este é o primeiro estudo baseado na identificação e análise de pequenos RNAs em uma espécie da família Araucariaceae. A busca por miRNAs conservados no Pinheiro do paraná resultou na identificação de 115 sequencias representativas de 30 famílias. Um total de 106 precursores de miRNAs foram preditos, dos quais, 41 correspondem a miRNAs conservados de 16 diferentes famílias, e 65 foram anotados como novos miRNAs. A comparação das sequencias de pre-miRNAs do pinheiro do paraná com bibliotecas de pequenos RNAs de outras cinco espécies de gimnospermas indicou que 9 dos 65 novos miRNAs são conservados em gimnospermas, enquanto que 56 possivelmente são específicos do Pinheiro do paraná, do gênero Araucaria, ou da família Araucariaceae. Em outra análise comparativa, onde as sequências dos novos pre-miRNAs do Pinheiro do paraná foram alinhadas com unigenes do transcriptoma de A. cunninghamii, sete ortólogos foram identificados nessa espécie congenérica da Oceania. Uma série de miRNAs identificados por análises computacionais de predição foi validada experimentalmente através da técnica de stem-loop RT-qPCR. Nessa análise, os padrões de expressão de miRNAs novos e conservados foram analisados em cinco tecidos distintos coletados de plantas com 90 dias de crescimento. No segundo capítulo, os dados públicos de RNA-seq foram usados para determinar a sequência completa do genoma de cloroplasto (cpDNA) de A. angustifolia. O cpDNA do Pinheiro do paraná tem 146.203 pares de bases de comprimento, e abriga 122 genes, dos quais, 80 codificam 9 polipeptídios, 5 codificam RNAs ribossômicos e 37 codificam RNAs de transferência. As regiões codificantes totalizam 45,02%, sendo que 4,96% equivalem a rRNAs e tRNAs. Os genes normalmente localizados nas repetições invertidas (IRs) estão presentes em cópias únicas, com exceção dos genes rrn5 e tRNA-CAU. A estrutura típica encontrada no cpDNA de vários grupos de plantas terrestres, LSC/IR/SSC/IR, não está presente no plastoma de A. angustifolia. Análises filogenéticas baseadas no método Bayesiano e Mássima Verossimilhança, com unanimidade e alto suporte estatístico, agruparam A. angustifolia com as espécies congenéricas A. heterophylla e A. columnaris. Análises computacionais de predição de microssatélites indicaram que o cpDNA de A. angustifolia apresenta 100 SSRs, dos quais 14 correspondem a loci de tetranucleotídeos. O presente estudo apresenta aspectos importantes em relação à composição, evolução e diversidade de miRNAs de A. angustifolia, uma espécie da família Araucariaceae criticamente ameaçada de extinção. Além de novos recursos genéticos resultantes da identificação de miRNAs, o presente trabalho também apresenta novos recursos genômicos em A. angustifolia, com a montagem e anotação do genoma de cloroplasto. O cpDNA de A. angustifolia apresenta importantes características que podem ser exploradas em diferentes aspectos, como estudos de diversidade populacional, estudos filogenéticos, entre outros.Araucaria angustifolia, commonly known as Brazilian pine, is the only conifer in Brazil with economic importance and was the most important wood species from south Brazil in the past century. Representing valuable source of high-quality wood, Brazilian pine was the target of extensive exploitation activities over decades, suffering massive population decrease. Currently, this conifer is classified as critically endangered species. Brazilian pine has been targeted by some genetic studies mainly with a focus on somatic embryogenesis. Recently, an RNA-seq data were used to perform a transcriptome comparative profile analysis of early development stages, and the sequences are available at NCBI repository. Once a high-throughput sequencing data is released, it can be used in a plethora of ways beyond the original purpose, and more information can be explored in the target organism. In the present study, public RNA-seq data in combination with bioinformatic and experimental analysis were used to identify novel genetic and genomic resources in A. angustifolia. In chapter one, Brazilian pine has its transcriptome explored in respect to microRNAs, representing the first sRNA description in a member of the Araucariaceae family. The screening for conserved miRNAs in Brazilian pine revealed 115 sequences of 30 miRNA families. A total of 106 precursors sequences were predicted. 41 comprised conserved miRNAs from 16 families, whereas 65 were annotated as novel miRNAs. The comparison of Brazilian pine precursors with sRNA libraries of other five conifer species indicates that 9 out 65 novel miRNAs are conserved among gymnosperms, while 56 seem to be specific for Brazilian pine or restricted to Araucariaceae family. Another analysis comparing novel Brazilian pine miRNAs precursors and Araucaria cunninghamii RNA-seq data identified seven orthologs between both species. Mature miRNA identified by bioinformatic predictions were validated using stem-loop RT-qPCR assays. The expression pattern of conserved and novel miRNAs was analyzed in five different tissues of threemonth- old Araucaria seedlings. In chapter two, RNA-Seq data was used to determine the complete nucleotide sequence of the A. angustifolia chloroplast genome (cpDNA). The A. angustifolia cpDNA is 146,203 bp in length and contains 122 genes, including 80 protein-coding genes, 4 ribosomal RNA genes, and 36 tRNA genes. Coding regions comprise 45.02%; 4.96% correspond to rRNAs and tRNAs, and 50.02% of the genome encompasses non-coding regions. Genes found in inverted repeat (IR) are present as 11 single copy, with exceptions to rrn5 and trnI-AUG loci. The typical LSC, SSC, IRa and IRb organization reported in several land-plant groups is not present in A. angustifolia cpDNA. Phylogenetic analyses using Bayesian and Maximum Likelihood methods clustered A. angustifolia in the Araucariaceae family, with A. heterophylla and A. columnaris as congeneric species. The screening of A. angustifolia cpDNA reveled 100 SSRs, 14 of them corresponding to tetrapolymer loci. The present study provides important insights into the nature and composition of miRNAs in a critically endangered species from Araucariaceae, with valuable information on miRNA diversity and conservation in this taxon. Also, the A. angustifolia chloroplast genome assembled in the present study represents the first complete cpDNA genome sequence for this species and shows a set of features that could be further explored for population and phylogenetic studies within this group

O PLURALISMO TEÓRICO NAS RELAÇÕES INTERNACIONAIS: UMA BREVE RESVISÃO DE LITERATURA

Este artigo tem como principal objetivo incluir nas discussões sobre teoria de Relações Internacionais da academia brasileira o tema do pluralismo teórico. O debate aqui apresentado não se alinha aos argumentos de autores como Dunne, Hansen e Wight (2013) que consideram como pluralismo a diversidade de teorias presentes na literatura sobre relações internacionais. Aqui, entende-se por pluralismo teórico o esforço para conjugar perspectivas de diferentes abordagens teóricas das Relações Internacionais, buscando uma explicação mais contundente da realidade vigente no Sistema Internacional. No Brasil a principal digressão sobre o assunto foi feita em 2002 por Antônio Ramalho Rocha em seu livro Relações Internacionais: teorias e agendas. Portanto, pretendemos apresentar uma breve revisão de literatura sobre o pluralismo teórico nas RI, a partir de uma análise das pesquisas dos principais estudiosos do tema.  O artigo está dividido em duas seções. Na primeira seção explanaremos o conceito de pluralismo teórico, o contexto que possibilitou seu desenvolvimento dentro das Relações Internacionais, suas estratégias de aplicação e algumas limitações apresentadas pela literatura sobre esse instrumento. Na seção seguinte, iremos apresentar uma discussão considerada por nós como fundamento para a abordagem pluralista nas Relações Internacionais: o debate entre Racionalismo e Construtivismo. A ideia não consiste em apresentar todas as nuances desse amplo debate, mas expor seu impacto para o desenvolvimento das teorias de Relações Internacionais. Por fim, apresentaremos as considerações finais sobre o tema

Novel and Conserved miRNAs Among Brazilian Pine and Other Gymnosperms

The knowledge about plant miRNAs has increased exponentially, with thousands of miRNAs been reported in different plant taxa using high throughput sequencing technologies and bioinformatic tools. Nevertheless, several groups of plants remain unexplored, and the gap of knowledge about conifer miRNAs is considerable. There is no sequence or functional information available on miRNAs in Araucariaceae. This group is represented in Brazil by only one species, Araucaria angustifolia, an endangered species known as Brazilian pine. In the present study, Brazilian pine has its transcriptome explored with respect to small RNAs, representing the first description in a member of the Araucariaceae family. The screening for conserved miRNAs in Brazilian pine revealed 115 sequences of 30 miRNA families. A total of 106 precursors sequences were predicted. Forty one comprised conserved miRNAs from 16 families, whereas 65 were annotated as novel miRNAs. The comparison of Brazilian pine precursors with sRNA libraries of other five conifer species indicates that 9 out 65 novel miRNAs are conserved among gymnosperms, while 56 seems to be specific for Brazilian pine or restricted to Araucariaceae family. Analysis comparing novel Brazilian pine miRNAs precursors and Araucaria cunninghamii RNA-seq data identified seven orthologs between both species. Mature miRNA identified by bioinformatics predictions were validated using stem-loop RT-qPCR assays. The expression pattern of conserved and novel miRNAs was analyzed in five different tissues of 3-month-old Araucaria seedlings. The present study provides insights about the nature and composition of miRNAs in an Araucariaceae species, with valuable information on miRNAs diversity and conservation in this taxon

Molecular Identification and Traceability of Illegal Trading in Lignobrycon myersi

Lignobrycon myersi is a threatened freshwater fish species and endemic of a few coastal rivers in northeastern Brazil. Even though the Brazilian laws prohibit the fisheries of threatened species, L. myersi is occasionally found in street markets, being highly appreciated by local population. In order to provide a reliable DNA barcode dataset for L. myersi, we compared mitochondrial sequences of cytochrome c oxidase subunit I (COI) from fresh, frozen, and salt-preserved specimens. Phylogenetically related species (Triportheus spp.) and other fish species (Astyanax fasciatus) commonly mixed with L. myersi in street markets were also included to test the efficiency of molecular identification. In spite of the differences in conservation processes and advanced deterioration of some commercial samples, high-quality COI sequences were obtained and effective in discriminating L. myersi specimens. In addition, while populations from Contas and Almada River basins seem to comprise a single evolutionary lineage, the specimens from Cachoeira River were genetically differentiated, indicating population structuring. Therefore, DNA barcoding has proved to be useful to trace the illegal trading of L. myersi and to manage threatened populations, which should focus on conservation of distinct genetic stocks and mitigation on human impacts along their range

Cytogenetic analysis in Tetragonopterus franciscoensis (Characiformes): another piece to the karyoevolutionary puzzle of tetra fishes

Tetragonopterus is a taxonomically complex genus in Characidae, being currently represented by nine species according to integrative approaches. One of them, T. franciscoensis was recently validated in rivers from northeastern Brazil. Even though molecular and morphological data have been collected in Tetragonopterus, the cytogenetic analyses in this group are scarce despite of the role of chromosomal variation in speciation. Herein, we present the first detailed karyotypic study in T. franciscoensis along with a comparative analysis with published cytogenetic data in characin fish. All specimens shared 2n=52 distributed in 12 metacentric (m), 12 submetacentric (sm), and 28 subtelocentric/acrocentric (st/a) chromosomes for both sexes as well as single nucleolus organizer regions on short arms of pair 8 and several GC-rich sites. The mapping of telomeric sequences (TTAGGG)n revealed no telomeric interstitial signals. While subtle cytogenetic differences were observed between samples from northeastern basins in Brazil, corroborating a recent genetic divergence, distinct karyotypes were detected in relation to congeneric taxa from other Brazilian regions. Therefore, the origin of large biarmed pairs in species with low 2n values should be related to occurrence of centric fusions

Um ano após o alerta da OMS para Covid-19 : o que vem a seguir?

Introdução: Em dezembro de 2019, foi descoberto um surto de pneumonia atípica, posteriormente, revelado ser devido a um novo vírus identificado como SARS-CoV-2, responsável por causar a doença coronavírus (COVID-19). O objetivo se baseou em trazer as principais mudanças e descobertas, após um ano que o PHEIC foi declarado. Argumentamos que após um ano desde que o PHEIC foi declarado, muita coisa mudou desde então, nesse sentido, realizou-se uma revisão bibliográfica. Depois que o novo vírus se espalhou para outros países e causou centenas de mortes, a Organização Mundial da Saúde emitiu seu alarme em 30 de janeiro de 2020, conhecido como PHEIC. Depois de um ano que o alarme foi dado, muita coisa mudou. A primeira grande mudança foi o início de uma pandemia de COVID-19 em 11 de março de 2020. Muitas descobertas foram feitas, a partir de um melhor entendimento da transmissão, tratamento, vacinas e desafios com novas cepas que surgiram após pressão seletiva.In December 2019, an outbreak of atypical pneumonia was discovered, later revealed to be due to a new virus identified as SARS-CoV-2, responsible for causing the coronavirus disease (COVID-19). The purpose is brings the main changes and discoveries, after a year that PHEIC was declared. We argue that after one year since PHEIC was declared, a lot has changed since then, in this sense, carried out a bibliographic review. We conducted a survey of articles published in the PUBMED and Google Scholar databases, from January 2020 to January 2021, which released data from studies related to transmission, treatment, vaccines, new variants for COVID-19. After the novel virus spread to other countries and caused hundreds of deaths, the World Health Organization issued its alarm on January 30, 2020, known as PHEIC. After a year that the alarm was given a lot has changed. The first major change was the beginning of a COVID-19 pandemic on March 11, 2020. Many discoveries were made, from a better understanding of transmission, treatment, vaccines and challenges with new strains that arose after selective pressure

Efeito agudo do alongamento submáximo e do método de Facilitação Neuromuscular Proprioceptiva sobre a força explosiva

Verificou-se o efeito agudo do alongamento submáximo e do método de Facilitação Neuromuscular Proprioceptiva (FNP) sobre a força explosiva de membros inferiores. Participaram do estudo 12 adultos do sexo masculino, todos praticantes de atividade física regular, no mínimo três vezes por semana, há pelo menos um ano. Foi utilizada uma plataforma de contato Jump Test Pro Ergojump (BRASIL) para a verificação da força explosiva dos membros inferiores, através da realização do salto vertical com contramovimento. Os procedimentos para realização do teste de força explosiva e aplicação da flexibilidade foram desenvolvidos, em dias diferentes, nas condições a seguir: sem a aplicação de rotina de alongamento submáximo ou FNP (Grupo Controle – GC); após alongamento submáximo; e após FNP. A análise de variância (ANOVA de medidas repetidas), seguida do post hoc de Tuckey, revelou reduções significativas (